解析：与他人有债务纠纷，不能要求登记机构帮忙限制债务人房产产权转移。因为所有权的内容包括占有、使用、收益和处分的权利，对任何一种权利的侵犯，都是对所有权的侵犯。当事人有债务纠纷，应采用合法的方式解决，如果确定需要限制债务人房屋所有权转移的应当向人民法院提出，由法院采取财产保全措施，查封该房屋当事人向法院申请财产保全的，应向法院提交书面申请，并提供有效担保。如错误申请财产保全给对方造成损失的，还应承担赔偿责任。

不动产登记机构不是司法机关，无权决定采取财产保全措施，如果因当事人错误申请财产保全导致对方损失，登记机构无权要求申请人赔偿。因此，对于当事人以债务纠纷为由要求登记机构限制债务人房屋产权转移的，登记机构不能办理。